No plano institucional, Apetamcor parte da sección de mercadorías do Comité Galego de Transportes baixo a denominación de FEGATRANS (Federación Galega de Transportes), representando a máis de 500 pymes e autónomos galegos do sector. Ademais, Apetamcor é hoxe unha das organizacións promotoras do Clúster da Loxística e o Transporte de Galicia.

A nivel estatal, Apetamcor tamén está representada no Comité Nacional de Transporte por Carretera (CNTC), a través de FENADISMER, a organización representativa da pequena e mediana empresa do transporte en España.

Apetamcor tamén é firmante dos convenios colectivos do transporte en Galicia, na súa condición de asociciación de natureza empresarial.